综合台湾媒体报道，陈水扁这趟出行一波三折，专机舍弃最近的台北─安克拉治─巴拉圭，变成台北─阿布扎比─阿姆斯特丹─巴拉圭，绕了大半个地球，飞行时间多出10多个小时。民航人士推估，舍近求远的结果，747型专机单趟可能要多加35万磅油，多花2000万新台币。媒体5日还爆料，阿扁被允中停阿联酋的条件是：台湾要花16亿元新台币购买阿国的12艘潜艇。 阿联酋提条件要购12艘潜艇 阿联酋同意陈水扁中停，国民党“立委”苏起爆料表示，促成这次中停，关键在于台湾透过阿国购买军火，“金额大到让阿联酋与台湾通航”。
苏起的言论得到台媒证实，台湾《苹果日报》5日指出，台军曾赠送价值台币1亿多元的1万多支新式T91战斗步枪给阿联酋，且台湾拟花16亿采购8到12艘阿联酋突击小潜艇。不过，台湾军方发言人极力否认此说法。
停在阿联酋寻找下个点 从阿布扎比起飞，原先一路往多米尼加前进，但是阿扁专机5日凌晨5点，突然降落在荷兰阿姆斯特丹。“外长”黄志芳表示，专机是单纯商业包机技术性落地加油，完全没有政治考量，访问团也没有通知台湾驻荷兰人员，仅由华航人员带陈水扁至机场休息。
当4日“过境”黎巴嫩失败后，接下来出乎意外的，还有安全考量。迫降阿布扎比后，若按计划直飞多米尼加，必须逆风飞行10多小时，加上当地47摄氏度高温，汽油挥发度高导致加油耗损量大，成了当时最重要的考量瓶颈。
因此，本来当局官员紧张兮兮地宣布加油，只能停留一小时便马上就走，却不知为何足足耗了3个小时没有动静，就是为寻找下一个加油点。大批被意外“放风”在阿布扎比机场的事务官、安全人员全部不知所措，只好忙里“偷闲”，购买起当地名产椰枣、纪念品、神灯和饰品。
阿扁买“尊严”多花2000万 陈水扁这趟造就台湾最诡异的“外交”飞行。绕了一大圈的行程，比起原定中停美国安克拉治，足足多花11个半小时。算一算，多出来的油钱就高达近2000万新台币。至于为何不走阿拉斯加，陈水扁说，这是为了“捍卫台湾的尊严”。
陈水扁中南美之旅原定行程，如果真的从台北飞阿拉斯加，只要9小时，停留2个小时加油后，再到巴拉圭，总共耗费25.5小时。不过现在飞到阿布扎比，就用了9.5个小时，停4个小时，到阿姆斯特丹，再停1个半小时，然后经冗长的飞行到达目的地，花了37小时。
算一算，两种路线整整差了11个半小时。以用油来说，747-400型客机1小时用油10吨，而1吨油大约80.5桶，一桶87美元。光在天空飞来飞去，多出来的时间换算起来，就将近2000万新台币。
“过境”严重受挫阿扁迁怒
邱义仁 “过境”风波不断，《联合报》引述“党政人士”透露，陈水扁对“国安会”相当不满，私下对“国安会秘书长”邱义仁更颇有微词。尤其是向美国提出“过境”要求时，“国安会”提出乐观讯息导致陈水扁误判情势，让这次出访遭到严重挫折。
据报道，参与决策的“政党人士”透露，对美国提出“过境”要求的作业，表面上是由“外交部长”黄志芳直接指示“驻美代表”李大维，其实“国安会”扮演的角色也非常关键。“国安会”曾提供陈水扁“过境”美国的乐观讯息与分析。
据透露，陈水扁在“过境”美国受挫后，曾私下向其他党政人士抱怨邱义仁，认为邱长期接触美国事务，但在“过境”上却无法正确提供讯息和判断，导致全案急转直下。
此外，陈水扁专机原准备“过境”黎巴嫩，却因消息曝光而破功。报道说，陈水扁在专机上不满，还把随行的东森集团负责人王令麟数落一顿，也下令彻查泄密。
